ينص قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، الصادر بالقانون رقم 209 لسنة 2020، في المادة (16)، على أن تقوم الهيئة بإنشاء حساب سنوى خاص لإيرادات ومصروفات كل وقف من الأوقاف التى انتهت، وكذلك الأوقاف المشتركة والأوقاف الخيرية، كما تقوم بإنشاء حساب ختامي متضمنًا إجمالي إيرادات ومصروفات الأوقاف الخيرية التى تحت إدارتها وبيانًا بحساب أموال البدل.
وفقا للمادة، ترسل هذه الحسابات إلى وزارة الأوقاف مع صافى الإيرادات المستحقة لها فى نهاية العام المالى، كما تمسك الهيئة حسابًا منفصلاً بالاحتياطيات، ومصاريف الإدارة والصيانة، وذلك كله بما لا يتعارض مع الأحكام المنظمة للهيئات العامة فى هذا الشأن.
وتنص المادة (15) على أن يكون للهيئــة مــوازنة مستقلة تعــد علي نمــط موازنات الهيئــات الاقتصــادية، وتبدأ السنة المـالية للهيئة مع السنــة المـالية للدولــة وتنتهي بنهـــايتها، ويتم إعدادها وفقًا للقواعد المقررة قانونًا، ويكون للهيئة حساب خاص لدي البنك المركزي، كما يكون لها الحق في فتح حسابات تجارية لدي البنوك الأخري الخاضعة لإشراف البنك المركزي، وذلك بعد موافقة وزارة المـالية .
جدير بالذكر، أن قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، ينص على أن مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة علي شئونها، وله أن يتخذ ما يراه لازمًا من قرارات لمبـاشرة اختصــاص الهيئــة لتحقيق الغـــرض الذي قـــامت من أجـــله ، وله علي الأخص رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف لتحقيق أقصي عائد ممكن علي الأسس الاقتصادية السليمة، ووضع النظم الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف ، وتحصيلها بصفة منتظمة ، وصيانتها المستمرة ، ومتابعة تنفيذ ذلك بما يكفل المحافظة عليها، ووضع الهيكل التنظيمي والإداري للهيئة، وإصدار اللوائح والقرارات الداخلية في المسائل المـالية والإدارية الفنية التي تسير عليها الهيئة وغيرها من اللوائح المتعلقة بنشاطها ، واعتمادها من الجهات المختصة دون التقيد بالقواعد الحكومية، والموافقة علي مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي، والنظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل بالهيئة ومركزها المـالي، واتخاذ ما يراه في شأنها.