تتنوع مقتنيات المتحف المصري ومنها تلك المقتنيات التى عثر عليها بمقبرة يويا وثويا وبجانب الأواني المصنوعة من الألباستر التي وجدت في مقبرة يويا وثويا، تم إكتشاف 27 إناء من الخشب يحاكوا الأواني المصنوعة من الألباستر ، الزجاج، الديوريت، وحجر البرشيا الأحمر واختلفت أشكال هذه الأواني فمنها الإسطواني ذو حافة بارزة وأواني ذات عنق طويل وجسد بيضاوى بمقبض طويل تُعرض هذه الأواني ضمن مقتنيات مقبرة يوياوثويا بالدور العلوي بالمتحف المصري بالقاهرة.
وقد اكتشف كويبل المقبرة في 12 فبراير 1905، وكانت جميع آثار المقبرة في حجرة واحدة خالية من أي زخارف أو نقوش، وبالرغم من تعرض المقبرة للنهب من قبل، فقد عُثر بها على الكثير من الكنوز التي تشمل آثارًا تعبر عن الحياة اليومية، والأثاث الجنائزي الرائع، بالإضافة إلى أواني من الألابستر والحجر الجيري الملون.
احتوت المقبرة أيضًا على موميائي كل من يويا وثويا فى حالة ممتازة بفضل الجودة العالية التي تمت بها عملية تحنيطهما، فضلًا عن توابيتهما الداخلية والخارجية وأقنعتهما المصنوعة من الكارتوناج المُذهب والمطعمة بالأحجار الكريمة، وصناديق وأوانى الأحشاء، وتماثيل أوشابتى وبردية يويا المسجل عليها كتاب الموتى.
ويتكون المتحف المصرى من طابقين خصص الأرضى منهما للآثار الثقيلة “مثل التوابيت الحجرية والتماثيل واللوحات والنقوش الجدارية”، أما العلوى فقد خصص للآثار الخفيفة مثل “المخطوطات وتماثيل الأرباب والمومياوات الملكية وآثار الحياة اليومية وصورالمومياوات والمنحوتات غير المكتملة وتماثيل وأوانى العصر اليونانى الرومانى وآثار خاصة بمعتقدات الحياة الآخرى”، وكذلك المجموعات الكاملة مثل “مجموعة توت عنخ آمون”.
كما يضم المتحف عددًا هائلاً من الآثار المصرية منذ عصور ما قبل التاريخ حتى نهاية العصر الفرعونى بالإضافة إلى بعض الآثار اليونانية والرومانية، منها “مجموعة من الأوانى الفخارية (من عصور ما قبل التاريخ)، صلاية نعرمر (عصر التوحيد)، تمثال خع سخم (الأسرة 2)، تمثال زوسر (الأسرة 3)، تماثيل خوفو وخفرع ومنكاورع (الأسرة 4)، تمثال كاعبر وتماثيل الخدم (الأسرة 5)، وتمثال القزم سنب (الأسرة 6)، وتمثال منتوحتب نب حبت رع (الأسرة 11)، وتماثيل أمنمحات الأول والثانى والثالث (الأسرة 12)، تمثال الكا للملك حور (الأسرة 13)، تماثيل حتشبسوت وتحتمس الثالث (الأسرة 18)، ومجموعة توت عنخ آمون (الأسرة 18)، ومجموعة كنوز تانيس، ومجموعة كبيرة من المومياوات من مختلف العصور.